Возрастные изменения метилирования и экспрессии в транспозонах Archived

Группа BioLabs разрабатывает новые алгоритмы и методы анализа данных биологических экспериментов, и работает в тесном сотрудничестве с биологами над различными экспериментами по изучению старения.

Один из проектов группы – это масштабное лонгитюдное исследование связи изменений метилирования ДНК, генной экспрессии и метаболомики в процессе старения человека на выборке из более чем 100 людей. В контексте этого проекта нам было бы интересно изучить поведение ретротранспозонов и других повторов в наших данных, сравнить с известной информацией об их поведении при старении.

Вам предстоит:

• Изучить публикации про метилирование и экспрессию транспозонов, в частности LINE повторы
• Воспроизвести данные из статей на новых масштабных данных WGBS и RNA-seq
• Исследовать поведение метилирования ДНК и экспрессии транспозонов в данных по старению человека
• Создать вычислительные пайплайны для обработки данных в формате Jupyter Notebook, Snakemake, Python или Shell скриптов

По результатам работы над проектом возможно участие в публикации.

Перед собеседованием нужно выполнить тестовое задание, можно сделать его частично, но чем полнее, тем выше шансы на получение стажировки в этом проекте.

Вопросы можно задавать по почте: roman.chernyatchik@jetbrains.com

• Понимание основ биоинформатики и, в частности, эпигенетики
• Представление о функциональном устройстве последовательности ДНК
• Умение разбираться с англоязычными научными статьями
• Знание Python, опыт работы с библиотеками Pandas/Numpy, библиотеками визуализации данных
• Понимание основных форматов биоинформатических данных Bed, BedGraph, Wig, BigWig
• Уверенное владение командной строкой Unix
• Бонусом будут знание статистики, опыт разработки вычислительных пайплайнов с использованием Snakemake, опыт работы с библиотеками Plot.ly, Seaborn